Tutorials about Seurat

seurat_3k_demo.html 基础示例
官网: satijalab.org | Github
sctransform.html 获取更清晰的生物学差异
cell_cycle_vignette.html 怎么去除细胞周期的变异
Seurat 4 R包源码解析》 总目录 | 单细胞转录组分析标准流程@zhihu: 源码解析

GEO_harmony.html 导入GEO数据,harmony整合代替PC,用于后续分析
WNN 多模态整合 | Seurat 单细胞多组学整合流程@csdn: 多模态整合后,可以进行UMAP和细胞聚类。

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Functions.html Seurat 分析常用函数

Marker reference

index.html 我的marker基因列表
marker_PBMC.html Azimuth References - Human - PBMC
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mono_macro_DC.html 来自网友整理的幕布

单细胞分析包

monocle2 使用笔记
scVelo 的使用: 从bam和Seurat获取输入数据到画图
anndata 数据格式(h5ad 后缀)

CellChat-vignette.html CellChat 单样本示例: https://github.com/sqjin/CellChat/tree/master/tutorial: 2023.6.14

About ML and DL

NMF_demo.html 非负矩阵分解(NMF) 对单细胞分群、降维,十分耗时(1min vs 60min) 2023.9.18
cluster_demo.html 机器学习之确定最佳聚类数目的10种方法 2023.9.19

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如何调试该死的Rcpp代码?如何复用Rcpp的so共享库文件?| 向量/矩阵运算@csdn: Rcpp 和 C++ 代码的调试与运行

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